O Laboratório de Limnologia e Qualidade de Água – UFERSA possui uma área de 170 m2 e foi construído com recursos da FINEP (Pró-Infra). Em seu interior existem salas para análises físicas, químicas e microbiológicas de amostras água e sedimentos, sala de espectrofotometria e pesagem, sala de Biometria e Sedimentologia e um Laboratório de Análise de Dados com seis computadores com acesso a internet.. O Laboratório possui os seguintes equipamentos permanentes: radiômetro, marca LiCor – Li 250A, espectrofotômetro Agitador Magnético; Autoclave vertical; Balança Analítica Digital; Balança eletrônica de precisão; Banho Maria; Barrilete 20 litros; Bloco Digestor método Kjeldahl; Bloco/Aparelho microdigestor de proteína/nitrogênio método Kjeldahl; Bomba de vácuo; Bote inflável; Bureta digital; Multi-sensor de parâmetros limnológicos; Cadinho laboratório; Caixas térmicas; Câmara de Germinação Microprocessada; Capela Exaustão Gases; Centrífuga Elétrica; Chapa Aquecedora; Coletor amostra de sedimento, draga tipo Eckman; Conjunto de filtração de água; Correntômetro; Dessecador; Destilador de Água tipo Pilsen; Destilador de Nitrogênio tipo Kjeldhal ; Ecobatímetro; Forno tipo mufla; Garrafa de van dorn; GPS; Medidor condutividade; Medidor de Oxigênio Dissolvido; Mesa agitadora; Moinho Rotativo; Paquímetro digital; Peagômetro tipo portátil; Refratômetro; Sistema de purificação de água por Osmose Reversa; Turbidímetro de bancada